Les millepertuis forment le genre Hypericum, composé d'environ 400 espèces réparties dans le monde entier, sauf dans les déserts et les régions arctiques.
Sous les tropiques, on ne rencontre cependant des millepertuis qu'en montagne.
Les millepertuis sont rattachés à la famille des Hypéricacées selon la classification phylogénétique ou à celle des Clusiacées selon la classification classique.
Le nom de millepertuis signifie mille trous. Il est dû à l'espèce commune européenne Hypericum perforatum qui possède de petites glandes translucides.
En observant les feuilles par transparence, ces glandes donnent l'impression d'une multitude de minuscules perforations.